Parece que el topónimo de Amayuelas pueda provenir de la aglutinación del adjetivo latino “acl” mas el sustantivo también latino “fontes” a los que se uniría el diminutivo “olas-velas” dando el significado de lugar cercano a fuentes de pocas aguas. Pero ha de tenerse en cuenta que acaso el nombre de las dos Amayuelas seguramente provenga de aquellos primitivos repobladores que fueron resistiendo en esta zona, gentes que habían bajado de la antiquísima ciudad de Amaya, donde actualmente se localiza Peña Amaya, ya dentro de la actual provincia de Burgos. Amaya se erigió en un castro cántabro para mas adelante pasar a ser una importante cuidad romana y visigoda. Tanto Amayuelas de Arriba como Amayuelas de Abajo pertenecieron al señorío de don Diego Manrique.
Su iglesia parroquial, con la advocación a Santa Columba, es un templo románico de los años finales del siglo XII o principios del XIII del que, adelante en el tiempo, se le añadirían dos tramos laterales barrocos en el lado de la Epístola. Pero la iglesia primitiva dispone de una sola nave construida en piedra a base de pilares y arcos de medio punto y con una cubierta con bóveda de arista y la capilla mayor con bóveda de cañón.
A los pies de la iglesia se alza una espadaña moderna de ladrillo; la puerta de acceso se abre en el lazo de la Epístola y cuenta con tres arquivoltas lisas apuntadas, de finales del siglo XII.
En el lado del Evangelio, retablo barroco de finales del siglo XVII con esculturas de Santa Teresa y San Agustín; otro retablo rococó del siglo XVIII con esculturas de la Inmaculada y de la virgen del Rosario. En el presbiterio, retablo neoclásico y en el lado de la Epístola, crucifijo gótico del siglo XIV y retablo barroco con escultura de Santa Lucia. Pila bautismal del siglo XVI en el Baptisterio y retablo barroco en la sacristía de finales del siglo XVI con pinturas de San José, Santo Domingo, etc.
Amayuelas de Arriba contaba con 46 habitantes y a mediados del siglo XIX, con 277 en 1900, con 198 en 1930, con 169 en 1960 y con 40 en 2006